指紋識別技術發展到現在技術已經比較成熟，其成本也在降低，體積也越來越小，但是在指紋破損嚴重或者臟的情況下難識別，另外還存在被采集、復制等方面的問題。針對指紋被復制問題，很多生物識別人士認為指紋的復制只是針對某種指紋采集方式所產生的問題，如果是超聲波采集等高科技采集方式指紋的復制問題將會迎刃而解，但是相對的指紋采集成本也會成倍地提高。
指紋識別目前主要面臨的是普識率的問題。在日常生活中，有一部分人的指紋是無法采集的，這里既有先天遺傳的問題，也有諸如后天長時間的勞作或者疾病等原因造成的。“通過我們的調查，這樣的比例大概在千分之一到千分之三之間，比預期的比例要大。”這就意味著，在一個需要采集基數很大的應用場所中，不可以采集的指紋數量會非常多，這種因素限制了指紋識別在面向公眾的大型系統中的應用。同時，指紋識別作為接觸式的識別方式，不太適合醫院等場所應用。
因此，指紋識別更多地應用在中小企業的門禁、考勤以及對安防要求較低的身份認證和箱柜鎖、電腦手機認證等民用市場，并且隨著人們日益對個人生命財產安全與隱私的重視，獲得廣泛的應用。目前云計算開始進入產品推廣階段，如何保證云計算的數據安全成為人們關注的要點。握奇安全支付與可信計算產品線郭海兵表示，握奇通過將指紋產品Biokey和自身技術結合，實現了終端使用局域網預分配的IP地址接入，服務器部署時不改動局域網拓撲結構及配置信息，遠程及移動終端維持IP地址預設應用等要求，為各行業專網和互聯網等環境的遠程及移動安全接入提供安全認證的應用。
指紋識別技術與更多的產品領域結合，在中高端民用住宅市場獲得重視。目前高檔小區和樓盤對自身的安全的重視日益看重，融合進指紋識別的對講產品在人數較少的別墅區、高檔樓盤等場所的應用正在不斷受到關注。